江蘇、重慶等地創造性地制定基本藥物集中采購以及供貨企業誠信度考核評價辦法和月監測評價系統，規范供貨行為。
實行基本藥物制度、取消藥品加成后，各地制定具體補償辦法，明確補償標準，落實各方責任，初步建立起穩定、長效的基層醫療衛生機構補償機制。
江蘇省對經濟薄弱地區基層醫療衛生機構按核定的經常性收支差額的1/3給予補助，對村衛生室按每個行政村1萬元給予補助。無錫市將政府辦基層醫療衛生機構納入財政預算，全面實施收支兩條線管理。據統計，今年無錫市縣財政預算共安排經常性收支差額補助資金45億元，1月~6月累計撥付19.5億元，撥付比例為43%。
云南省基層醫療衛生機構收支補償工作按照“一縣一策” 制定出臺本地補償辦法，落實政府對基層醫療衛生機構的專項補助以及經常性收支差額的補助。截至今年1月底，全省105個縣落實了政府辦基層醫療衛生機構的專項補助以及經常性收支差額的補助，占81.40%，截至今年5月底，全省共有14個州市、112個縣市區出臺了基層醫療衛生機構補償實施意見和辦法。具備條件的地區還實行“收支兩條線”，確保了補償資金及時足額到位。
上海市社區衛生服務中心全面實施了收支兩條線管理，社區衛生服務中心的正常運行與公益性得到充分保障。財力困難區縣所需經費結合市財政下達的一般性轉移支付“醫療衛生”大類資金予以統籌安排。四川攀枝花市對各縣（區）實施國家基本藥物制度的城市社區和鄉鎮的常住總人口，按每人每年5元的標準安排預算，高于規定標準。
從2011年1月1日起，在“預算管理權不變、資金所有權和使用權不變、財務審批權不變、債權債務關系不變”的前提下，海南省對鄉鎮衛生院實行市縣級財務集中管理。海口市、瓊海市正在探索實施基層醫療衛生機構財務收支兩條線管理。
一些地方積極探索城鄉居民醫保一體化管理。目前，海南三亞市城鄉居民醫保實現了一體化管理。吉林長春市朝陽區和吉林市船營區已經實現了新農合與居民醫保的城鄉統籌工作，初步構建了基本醫療保障的城鄉統籌。
