東京審判的意義是重大的，其正面意義也是不能否定的。但對于細菌戰隱瞞和對于細菌戰戰犯的放縱則使這次審判的公正性受到巨大的沖擊。將人做為實驗的豚鼠，滅絕式的對平民的殺害，驅使人類無法應對的惡疫為殺戮武器......種種罪惡竟然一并放過，為的是美國的國家利益，為的是美國掌握這一秘密的、慘絕人寰的武器，并將它用于朝鮮和越南戰爭。面對中國和亞洲的數百萬的死難者，誰、什么樣的理由可以這樣做？就是上帝也沒有這樣的權利，這是世間的最大不公正。
1945年7月26日，中美英三國在敦促日本投降的《波茨坦公告》中規定："我們盟國無意奴役日本民族或消滅其國家，但對于戰犯，包括虐待俘虜的人在內，將處以法律的嚴厲制裁。"1946年1月19日，駐日盟軍統帥麥克阿瑟根據盟國最高委員會決定，正式頒布了關于在東京設置遠東國際軍事法庭的《特別宣言》，以及《遠東國際軍事法庭憲章》，并由麥克阿瑟正式任命澳大利亞昆士蘭州高等法院院長韋勃爵士為首席法官，美國的J.B.基南被指派為檢察長。其他十名法官由中國、蘇聯等十個國家的法官出任。
遠東國際軍事法庭開庭的前一天，進行了最后一次隆重彩排。這次彩排中的沖突正好泄露了誰在主導著這次審判。
沖突由法官們的座次安排引發。中間是庭長韋勃，他的左右手安排了美、英法官。庭長韋勃宣布說："排列次序是美國、英國、中國、蘇聯、加拿大……"韋勃還補充道，"這是經盟軍最高統帥部同意的。"中國法官梅汝璈認為應該按日本投降書簽字次序排座次，次序是美、中、英、蘇……但韋勃對于中國法官的抗議置之不理。
梅汝璈憤而脫下黑絲絨法袍："我絕不接受這種于法無據、于理不合的安排！中國是受日本侵略最烈、抗戰最久、犧牲最大的國家，在審判日本戰犯的國際法庭里她應有的席位竟會降低到英國之下，這是不可思議的事情！"看到梅汝璈要甩手而去，韋勃急忙攔住他，表示和其他人再商議。很快，韋勃回來了，他表示照原來的安排彩排，正式開庭的安排再討論。梅汝璈依然拒絕，他的理由是彩排即有各國媒體的采訪，照片登出去，對中國的國格有損。當再去商量的韋勃第三次來到梅汝璈面前時，他盯著梅汝璈說："預演就照受降簽字國次序進行。"
座位之爭的勝利并沒有改變東京審判為美英所控制的事實。中國國內正在內戰之中，國民政府所能提供的法庭證據微乎其微，侵略戰爭的傷口沒有力量去醫治，戰爭的受害情況也無暇顧及，中國的法官們只能依靠盟軍提供的材料向法庭提供證據。國民政府派出的官員在法庭上作證，除了只能說"燒殺搶奪，無惡不作"之外，空言無憑，差點被轟下去。細菌戰犯罪只提出了一次，前后不到十分鐘就被壓了下去。
東京審判還放棄了對日本天皇裕仁的戰爭責任追究。當時的國際社會認為裕仁負有發動侵略戰爭的責任，必須嚴懲。盟軍占領日本后，麥克阿瑟將軍與日本天皇裕仁進行了一次秘密會面。雙方對會談始終諱莫如深，三十年后的裕仁說："當時與麥克阿瑟將軍有君子協定，永不透露。"
1月7日，韋勃親自訊問東條英機：是誰就開戰問題向天皇進言？除了你還有誰？然而，韋勃訊問東條英機的第二天，便正式宣布日本可以保留天皇制，不逮捕，也不起訴天皇。至于頭一晚發生了什么，沒有人知道。
在天皇制的國家里，東條英機有力量發動戰爭嗎？日本的天皇難道就沒有戰爭責任嗎？盡管后來美國的學者們用大量的事實證明了天皇發布了在中國實施細菌戰的命令，但他還是逃脫了正義的懲罰。
東條英機這一只替罪羊，為今后留下了許多政治后患。戰爭責任沒有得到完全徹底的清算，日本一些政治勢力和民眾拒絕對戰爭進行深刻反省和懺悔。美國和日本達成了某些交易，日本"上了美國的船"。東京審判之后，只對28名甲級戰犯進行了審理和判決，對已經逮捕的其他90名重要戰爭嫌疑犯陸續予以釋放，這些戰爭嫌疑犯再次回到社會，繼續在日本政治生活中占據重要地位、發揮重要影響。
東京審判是美國主宰下的"公正"，對中國人來說是別無選擇的選擇。中日之間的"結"，日本與亞洲的"結"自此結下了。而解開這個結也并不只是中日之間的事。
這里，不得一提一件幾十年前的舊事。
1951年9月4日，美國召集48個同盟國在舊金山召開了與日媾和會議。參加會議的蘇聯、波蘭、捷克斯洛伐克反對條約的內容，拒絕簽字；南斯拉夫、印度、緬甸受到邀請但拒絕參加會議；日本最大的侵略戰爭受害國朝鮮、中國沒有受到邀請。
《舊金山和約》中有關日本戰爭賠償的主要規定第五章第14條的有關內容如下："締約方認為日本國應該對于戰爭期間由日本國給同盟國造成的損害以及災難作出賠償。然而，締約方認為目前日本的資源不足以為其維持可行的經濟，并同時為履行它其他的責任，完全賠償所有此類損失及災難。"之后，第14條非常輕微地規定了日本的戰爭損害賠償：在曾被日本占領的地區，日本用人力、日本國及日本人和協助日本的當地人在當地的財產，賠償當地關于戰爭損害的要求。
來源：學生大讀書站