污染團難題
湖庫化的另一個直接后果，是污染之后的湖庫，在每次洪水來臨之際大量瀉往下游，形成對下游污染更嚴重的污染團。
由于淮河干流的水被支流中的水庫所截，各個閘壩而成的水庫，最后大多成了各地的污水池。在大雨即將來臨之際，各地的閘壩都通過調節提前釋放出一點水流，希望減輕洪水下瀉時帶給下游的污染壓力。
但人工調節往往不能適應自然界的突然變化。2004年7月中旬，一場突如其來的大雨降臨淮河，淮河上游的沙潁河、渦河等支流相繼開閘放水，滔滔黑水，濁浪翻滾，在淮河干流形成了155公里的黑色污染團。污染團中的污染物總量達38億噸，使河水中的主要污染物指標在平時的基礎上增加了7倍。污水團所到之處，一切生物遇毒皆亡。污水匯入洪澤湖，當地魚鱉蝦蟹悉數斃命，直接經濟損失達31億元。
“主要原因是各地太看重庫區內的水量，平時沒有放出一部分水到淮河徑流中。”朱幼棣說。由水利部們掌控的水庫水，首先通過城建部門賣給當地所在城市的污水處理廠，各個污水處理廠又依靠污水處理費營利。如果淮河全流域開閘保持一定的徑流量，則會使這條產業鏈利潤受損。
王新莊污水處理廠就是一例。坐落于鄭州市東南的王新莊污水處理廠，主要處理鄭州市東南部城區和新區的城市污水，處理后的污水排入淮河上游的二級支流賈魯河，在河南省周口市匯入淮河的一級支流沙潁河。該廠是2005年之前淮河流域建成的最大的污水處理廠。
2001年該廠開始運行，2003年實現年處理污水1.1億噸。然而，由于賈魯河上游來水被截留，基本沒有天然徑流，實際上成為鄭州市區的污水溝；賈魯河和沙穎河沿岸的城市河工業污水又大多沒有處理，雖然污水在王新莊處理廠經過二級處理達標排放，賈魯河還未出鄭州段就又回到劣Ⅴ類水。
“主要是國家配套資金不能承擔起污水處理廠和配套管網的費用?！?淮河水利委員會水資源保護局副局長程緒水介紹，在淮河流域建設一個10萬噸的污水處理廠，國家給予的配套資金是1億元，但是地方配套資金往往不到位。另外，即便建起了污水處理廠，將污水從住戶和企業輸入污水處理廠的管網建設，更需要2?3倍于建廠的資金。受制于這部分資金，淮河流域建成的163座污水處理廠，實際處理能力僅達一半。
這說明，若沒有水利部門的配合，以及全流域的同步治理，單靠幾個污水治理工程是難以實現流域水污染控制目標的。
就水源地污染現狀，本刊記者采訪了國家環?？偩汁h境與經濟政策研究中心學術委員會主任胡濤。
沒有責任追究制度
中國新聞周刊：造成目前水污染加劇的根本原因是什么？
胡濤：是體制。
中國有政策，有收費(排污收費)，有技術設備，有環評，但我們沒有良好的治理體制。今天還有人認為我們是技術、設備不到位，這樣的觀點，我們不能茍同。
據我們研究，中國目前比較缺乏的是一種GOVERMENCE(管治力)，包括政府、立法和司法，這比政策、資金、管理、技術更厲害。
中國新聞周刊：舉例來說……
胡濤：排放污水的企業，都通過了環評報告。那么，太湖也好，淮河也好，應該不會繼續被污染了啊。可是新的污染就在那兒明擺著，從哪兒來的？
這只能說明，很多環評是靠不住的。誰在做環評？是環保局下屬的環科所在做。環評是一種生意，環科所拿企業的錢，環保局負責審批，形成了一個利益鏈。
中國新聞周刊：如果出了假環評，怎樣追究責任？
胡濤：從理論上講，這件事挺簡單：誰批的？誰做的環評？我們可以倒推，很快就可以推出來誰應該承擔責任。但是，我們沒有責任追究制度。起碼，這造成了部門利益的最大化。還拿環保部門為例，大家都知道排污要收費，如果環評得到認真執行，從而關了超標排污企業，環保部門找誰收費去？
不要忘了，我們可是在實行收支兩條線制度，上繳罰款之后，大部分是可以返回給自己部門的。斷了這條線，環保部門肯定會說：我沒錢辦公。但環保局的職責是為當地環境質量負責，沒錢可以找人大、政府要去。
