隨著城鄉(xiāng)經(jīng)濟(jì)體制改革的進(jìn)展，科學(xué)技術(shù)體制和教育體制的改革也提上日程。1985年3月，中共中央作出關(guān)于科學(xué)技術(shù)體制改革的決定，5月又作出關(guān)于教育體制改革的決定，為科技體制和教育體制改革明確了任務(wù)和方向。全面改革的開(kāi)展進(jìn)一步激發(fā)了廣大科技工作者的積極性。1986年3月，王大珩、王淦昌等科學(xué)家向黨中央提出跟蹤世界先進(jìn)水平、發(fā)展高技術(shù)的建議(后稱“八六三計(jì)劃”)。鄧小平等領(lǐng)導(dǎo)人很快作出批示。11月，中共中央、國(guó)務(wù)院決定實(shí)施發(fā)展高技術(shù)的“八六三計(jì)劃”，我國(guó)的科技事業(yè)得到極大推動(dòng)。八十年代中后期，每秒一億次的“銀河”計(jì)算機(jī)系統(tǒng)、高能加速器北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)、重離子加速器、同步輻射實(shí)驗(yàn)室、運(yùn)載火箭發(fā)射衛(wèi)星等一批高科技成果達(dá)到世界先進(jìn)水平。教育事業(yè)也在改革中得到全面發(fā)展。根據(jù)鄧小平1983年10月提出的“教育要面向現(xiàn)代化，面向世界，面向未來(lái)”的指示，教育改革主要是擴(kuò)大學(xué)校的辦學(xué)自主權(quán)，調(diào)整教育結(jié)構(gòu)，改革教育的內(nèi)容和方法，努力多出人才，出好人才。為此，教育事業(yè)經(jīng)費(fèi)逐年提高，占國(guó)家財(cái)政支出的比重由1978年的6.79%上升到1986年的12.12%。全國(guó)開(kāi)始有計(jì)劃地普及九年制義務(wù)教育，在青壯年中基本掃除文盲，各種形式的成人教育也得到很大發(fā)展，適應(yīng)現(xiàn)代化建設(shè)需要的各類人才不斷涌現(xiàn)出來(lái)。
根據(jù)黨的十二大的決定，從1983年10月到1987年5月，分期分批進(jìn)行了全面整黨。經(jīng)過(guò)這次整黨，初步改變了“文化大革命”遺留下來(lái)的黨內(nèi)思想、作風(fēng)、組織不純的狀況，同時(shí)也積累了正確處理黨內(nèi)矛盾的經(jīng)驗(yàn)，推動(dòng)了新時(shí)期黨的建設(shè)。
面對(duì)改革開(kāi)放和發(fā)展商品經(jīng)濟(jì)的新形勢(shì)，鄧小平一再提醒全黨:一定要保持清醒頭腦，堅(jiān)持四項(xiàng)基本原則，警惕資本主義和封建主義腐朽思想的侵蝕，反對(duì)資產(chǎn)階級(jí)自由化；在進(jìn)行經(jīng)濟(jì)體制改革的同時(shí)，必須同時(shí)推進(jìn)社會(huì)主義民主和法制建設(shè)；在抓物質(zhì)文明建設(shè)的同時(shí)，決不能忽視社會(huì)主義精神文明建設(shè)；越是改革開(kāi)放，越要注意防止消極腐敗現(xiàn)象的滋長(zhǎng)，加強(qiáng)黨的自身建設(shè)。1985年9月，黨的全國(guó)代表會(huì)議通過(guò)了關(guān)于制定國(guó)民經(jīng)濟(jì)和社會(huì)發(fā)展第七個(gè)五年計(jì)劃的建議，增選了一批新的中央委員、候補(bǔ)中央委員、中央顧問(wèn)委員會(huì)和中央紀(jì)律檢查委員會(huì)委員。鄧小平在會(huì)上指出，新老干部都要注意學(xué)習(xí)馬克思主義，努力針對(duì)新的實(shí)際，掌握馬克思主義基本理論，防止在日益復(fù)雜的斗爭(zhēng)中迷失方向，并強(qiáng)調(diào)當(dāng)前的精神文明建設(shè)，首先要著眼于黨風(fēng)和社會(huì)風(fēng)氣的根本好轉(zhuǎn)。1986年9月，黨的十二屆六中全會(huì)專門作出決議，從社會(huì)主義現(xiàn)代化建設(shè)總體布局的高度，規(guī)定了社會(huì)主義精神文明建設(shè)的戰(zhàn)略地位、指導(dǎo)方針和根本任務(wù)，強(qiáng)調(diào)要用建設(shè)有中國(guó)特色社會(huì)主義的共同理想團(tuán)結(jié)全國(guó)各族人民，提高整個(gè)中華民族的思想道德素質(zhì)和科學(xué)文化素質(zhì)。根據(jù)鄧小平一系列講話和黨中央的決議，全黨在努力推進(jìn)物質(zhì)文明建設(shè)的同時(shí)，逐步加強(qiáng)社會(huì)主義精神文明建設(shè)，廣泛開(kāi)展社會(huì)主義的思想道德教育、民主法制教育，促進(jìn)各項(xiàng)文化事業(yè)蓬勃發(fā)展，提倡做有理想、有道德、有文化、有紀(jì)律的社會(huì)主義公民。
在執(zhí)行“兩個(gè)文明一起抓”方針的過(guò)程中，也出現(xiàn)了不一貫的情況。胡耀邦積極推進(jìn)了改革開(kāi)放和現(xiàn)代化建設(shè)，但未能對(duì)反對(duì)資產(chǎn)階級(jí)自由化給予應(yīng)有的重視。1987年1月，中共中央政治局舉行擴(kuò)大會(huì)議，批評(píng)了胡耀邦的上述失誤。會(huì)議批準(zhǔn)胡耀邦辭去黨中央總書(shū)記職務(wù)的請(qǐng)求，推選趙紫陽(yáng)為代理總書(shū)記。同年10月，黨的十二屆七中全會(huì)確認(rèn)了這項(xiàng)決定。
全面改革和黨的領(lǐng)導(dǎo)的加強(qiáng)，推動(dòng)了經(jīng)濟(jì)建設(shè)。1985年底，“六五”計(jì)劃全面和超額完成。五年間，國(guó)民生產(chǎn)總值從4470億元增加到8568億元，平均每年增長(zhǎng)10%，超過(guò)原計(jì)劃每年增長(zhǎng)4—5%的速度；全國(guó)居民平均消費(fèi)水平從227元提高到406元，扣除物價(jià)上漲因素，平均每年提高8.7%，大大超過(guò)1953—1980年二十八年間平均每年提高2.6%的幅度。國(guó)民經(jīng)濟(jì)重大比例關(guān)系趨于協(xié)調(diào)，主要工農(nóng)業(yè)產(chǎn)品產(chǎn)量都有較大幅度增長(zhǎng)，過(guò)去長(zhǎng)期感到困擾的一些經(jīng)濟(jì)問(wèn)題得到較好解決，為“七五”計(jì)劃的順利實(shí)施，為實(shí)現(xiàn)黨的十二大提出的奮斗目標(biāo)，提供了有利條件。